La etiología del TLP es multifactorial, multivariable. Torgersen et al. (2000), en un estudio de la heredabilidad de los trastornos de la personalidad en 92 pares de gemelos monocigóticos y 129 pares de dicigóticos, encontraron, para todos los trastornos de personalidad, una tasa de concordancia de 38% en los monocigóticos y 11% en los dicigóticos, y una heredabilidad de 0,60. La heredabilidad del trastorno límite fue de 0, 69 (del narcisista, 0,79 y del obsesivo-compulsivo de 0,78). De los factores neurobiológicos, los hallazgos más importantes son la disfunción del sistema serototinérgico y reducción de la actividad metabólica en la corteza prefrontal orbital y medial, asociada con la agresión impulsiva.
Zanarini en dos investigaciones, encontró que la negligencia y el abuso sexual y físico en la infancia lo reportaban alrededor del 90% de los pacientes con trastorno límite y que más del 50% de las que sufrieron abuso sexual lo tuvieron al menos una vez por semana, por un mínimo de un año; los perpetradores habían sido el padre u otra persona conocida por el paciente y en el acto de abuso siempre hubo alguna forma de penetración y de violencia. Estos resultados se confirmaron en un reporte reciente del mismo grupo.
En un estudio con pacientes femeninas internadas que padecían trastorno límite se encontró que un 82% de ambos padres tenían patología significativa que se correlacionaba con la severidad del trastorno. Estudios de apego en niños han mostrado que el apego inseguro, preocupado y desorganizado puede iniciar una trayectoria que culmine en la aparición de este trastorno.